នៅក្នុងខែកញ្ញា១៩៧៩ ពុទ្ធសាសនាត្រូវបានរដ្ឋាភិ-បាល និងក្រុមប្រឹក្សាជាតិរណសិរ្សរៀបចំឲ្យមាន ជាផ្លូវការឡើងវិញ។ ប៉ុន្តែពុទ្ធិកសិក្សាមិនទាន់មានលទ្ធភាពធ្វើនីតិសម្បទាឡើងវិញទេ រហូតមកដល់ឆ្នាំសិក្សា១៩៨៩-១៩៩០ ទើបក្រុមប្រឹក្សាជាតិ
រណសិរ្សក្រោមអធិបតីភាព សម្តេច ជា ស៊ីម កាលនោះជាប្រធាននៃអង្គការនេះបានប្រកាសបើកការសិក្សាបរិយត្តិធម៌ ជាផ្លូវការជាថ្មីនៅវត្តទូលទំពូងរាជធានីភ្នំពេញ។ ក្នុងឆ្នាំ ១៩៩២ ក្រសួងធម្មការត្រូវបានរដ្ឋសភា នៃរដ្ឋកម្ពុជាអនុម័តច្បាប់បង្កើតឡើង ដើម្បីឲ្យទទួលដឹកនាំ និងគ្រប់គ្រងវិស័យសាសនា វិស័យពុទ្ធិកសិក្សា និងស្តារពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យឡើងវិញ។ ក្នុងឆ្នាំ ១៩៩៣ ពុទ្ធិកមធ្យមសិក្សា បើកទ្វារ ដំណើរការជាថ្មីឡើងវិញនៅភ្នំពេញ។ នៅឆ្នាំ ១៩៩៦ ពុទ្ធិកមធ្យមសិក្សាក៏បានដំណើរការឡើងវិញ មួយកន្លែងទៀត នៅបាត់ដំបង និងក្នុងបណ្តាឆ្នាំជាបន្ត-បន្ទាប់ នៅកំពង់ចាម តាកែវ ព្រៃវែង...។
ដោយតម្រូវការចាំបាច់ និងស្ថានភាពជាក់ស្តែង ដែលមានសមណសិស្ស បានបញ្ចប់ពុទ្ធិកមធ្យមសិក្សា ទុតិ-យភូមិហើយនោះ ឯកឧត្តម ហៀន វណ្ណរ័ត្ន រដ្ឋលេខាធិការនៃក្រសួងធម្មការ និងសាសនា បានធ្វើសំណើ ដែលមានលិខិតលេខ ៧៤៣/៩៦ ក.ធ.ស ចុះថ្ងៃទី ២៤ ខែកញ្ញា ឆ្នាំ ១៩៩៦ ស្តីពីសំណើ សុំបើកពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យព្រះសីហ-នុរាជ ជំរាបជូនឯកឧត្តមសហរដ្ឋមន្រ្តី
នៃទីស្តីការគណៈរដ្ឋមន្រ្តីរួចហើយ រាជរដ្ឋាភិបាល បានសម្រេចជាគោលការណ៍អនុញ្ញាតឲ្យក្រសួងធម្មការ និងសាសនា
រៀបចំបើកពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យព្រះសីហនុរាជ នៅថ្ងៃទី ០៣ ខែឧសភា ឆ្នាំ១៩៩៧ តាមគោលការណ៍លេខ ២១ សជណផក ចុះថ្ងៃទី១០ ខែមករា ឆ្នាំ ១៩៩៧ ចុះហត្ថលេខាដោយ ជ. សហរដ្ឋ-មន្ត្រី ទទួលបន្ទុកទីស្តីការគណៈរដ្ឋមន្រ្តី ឯកឧត្តម ស៊ុំ មានិត និងឯកឧត្តម នូវ កានុន។

ក-សំណើសុំរបស់មហាវិទ្យាល័យ ចែកជា ៣ កម្រិត ៖
១-ពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យ បឋមភូមិ (Bacc II)រៀន៣ឆ្នាំ
២-ពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យ ទុតិយភូមិ (BA)រៀន ៤ ឆ្នាំ
៣-ពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យ តតិយភូមិ (MA)រៀន ៣ ឆ្នាំ
សមាសភាពដឹកនាំ
១-ឯកឧត្តម ឈន អៀម រដ្ឋលេខាធិការទទួលបន្ទុកពុទ្ធិកឧត្តមសិក្សា។
២-ឯកឧត្តម ដោក ណារិន អនុរដ្ឋលេខាធិការ។
៣-សម្តេចមង្គលទេព្វាចារ្យ អ៊ុម ស៊ុម អគ្គាធិការពុទ្ធិកសិក្សា។
៤-លោក ទេព ផុន អគ្គាធិការរង។
៥-លោក ហង្ស ចាន់ អគ្គាធិការរង។
សមាសភាពគ្រប់គ្រងពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យ បឋមភូមិ Bacc II ឆ្នាំ ១៩៩៧-១៩៩៩ ៖
១-លោក ហ៊ីង យ៉ាន ប្រធាន
២-លោក ទូច ណារ៉ា អនុប្រធានទី ១
៣-លោក រឿង យ៉ុន អនុប្រធានទី ២
៤-លោក កែប សុមន៍ អគ្គានុរក្ស
ខ- ពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យ ទុតិយភូមិ BA ឆ្នាំ ២០០០-២០០៥
មានផ្នែកទស្សនវិជ្ជាពុទ្ធសាសនា និងវិទ្យាសាស្រ្តអប់រំ ថ្នាក់ដឹកនាំ និងគ្រប់គ្រង
១-ឯកឧត្តម ឈន អៀម រដ្ឋលេខាធិការក្រសួងធម្មការ និងសាសនា ទទួលបន្ទុកពុទ្ធិកឧត្តមសិក្សា។
២-លោក ហ៊ីង យ៉ាន ព្រឹទ្ធបុរសទទួលបន្ទុករួម។
៣-លោក ទូច ណារ៉ា ព្រឹទ្ធបុរសរងគ្រប់គ្រង រដ្ឋបាល។
៤-លោក រឿង យ៉ុន ព្រឹទ្ធបុរសរងគ្រប់គ្រង បច្ចេកទេស។
៥-អ្នកស្រី ផាយ សៀកលី ព្រឹទ្ធនារីរងគ្រប់គ្រងបណ្ណាល័យ។
៦-លេខាធិការរដ្ឋាន ៖
-ព្រះមហា អៀប ស៊ឹង លេខាធិការ
-លោកស៊ឹម យុនប្រធានការិយាល័យ បច្ចេកទេស។
-អ្នកស្រីសម យ៉ុនប្រធានការិយាល័យ បណ្ណាល័យ។
-អ្នកស្រី ទុំ ចាន់ណេ អនុប្រធានការិយាល័យបច្ចេកទេស
-លោក ង៉ែត ប៉ូលីន លេខាធិការរង និងសាស្រ្តចារ្យមួយចំនួនទៀត។

នៅឆ្នាំ ២០០៤ មានការតែងតាំងមន្រ្តីសង្ឃបន្ថែម ដើម្បីជួយកិច្ចការពុទ្ធិកមហាវិទ្យាល័យព្រះសីហនុរាជ៖
១- ព្រះមហា ឃី សុវណ្ណរតនា ប្រធានការិយាល័យ បច្ចេកទេស និងអភិវឌ្ឍន៍កម្មវិធីសិក្សា
២- ព្រះមហា សាន សម្ផស្ស ប្រធានលេខាធិការដ្ឋាន
៣- ព្រះមហា ជិន សុផល ប្រធានក្រុមប្រឹក្សាវិន័យ